Martín Güemes fue el segundo hijo varón de don Gabriel Güemes Montero, natural de Santander, España, y de doña María Magdalena de Goyechea y de la Corte, perteneciente a una antigua y noble familia jujeña (uno de sus antepasados fue Francisco de Argarañaz y Murguía, fundador de la ciudad de San Salvador de Jujuy). Nacido en Salta el 7 de Febrero de 1785, Güemes ingresó en su infancia como cadete en la compañía del regimiento Fijo acantonada en dicha ciudad. Como integrante de esa unidad, intervino en la lucha contra las fuerzas británicas que atacaron a Buenos Aires en 1806 y 1807. Su valerosa actuación le valió ser ascendido al grado de Teniente.

En 1810, al producirse la Revolución, se encontraba en Salta, y allí se incorporó al movimiento patriota. Al frente de una partida de 60 hombres se hizo cargo de la defensa avanzada de la Quebrada de Humahuaca, y mereció del Gobernador Feliciano Chiclana la calificación de "oficial Infatigable". Reunió posteriormente un cuerpo de voluntarios con el cual intervino en la batalla de Suipacha, donde, como señaló años más tarde el Cabildo de Salta, "se cubrió de gloria". Al producirse la derrota de Huaqui, fue en ayuda de Juan Martín de Pueyrredón que, acosado por los realistas, se retiraba de Potosí conduciendo los caudales de la Casa de Monada. Intervino más tarde en el primer sitio de Montevideo y, en 1814, se incorporó al cuerpo auxiliador que, al mando de San Martín, fue enviado a reforzar el ejército del norte después de las derrotas de Vilcapugio y Ayohúma. Al hacerse cargo San Martín de la jefatura suprema del ejército, en reemplazo de Belgrano, confió a Güemes la organización y conducción de las partidas gauchas encargadas de hostilizar y contener a las fuerzas realistas.